La scienza medica sta ancora cercando le cause esatte e la natura delle allergie, ma non è certo che avremo queste risposte entro pochi anni. Dal punto di vista della medicina occidentale, l'allergia è una reazione eccessiva del sistema immunitario. Con NAET, invece, le allergie sono viste in modo globale, un modo che si basa sui principi della medicina orientale. Chi soffre di un'allergia, ha una particolare sensibilità a una o a più sostanze normalmente tollerate dalla maggioranza della popolazione. Il suo cervello percepisce certe sostanze, dette allergeni, come minacce per il corpo. La definizione di un'allergia secondo la medicina orientale dipende dal modo in cui la sostanza che produce allergia influenza il flusso energetico del corpo. Quando il corpo entra in contatto con un allergene, i percorsi dei flussi di energia, detti meridiani, subiscono dei blocchi. In altre parole, possiamo dire che il normale flusso di energia attraverso il circuito elettrico del corpo viene disturbato. Queste interruzioni del flusso di energia causano interferenze nella comunicazione tra il cervello e il resto del corpo, comunicazione che avviene grazie al sistema nervoso. Questo flusso di energia bloccato è il primo stadio di una serie di eventi che può sfociare in una reazione di tipo allergico. Le allergie sono il risultato di una mancanza di equilibrio energetico nel corpo e causano una riduzione dello stato di salute di uno o più sistemi di organi.